Грудное вскармливание

Всё равно во время кесарева антибиотик Вам хоть раз да кололи. Скорее всего, он и порушил нормальное формирование микрофлоры у малышки.
Сейчас нужно работать вот в каких направлениях.
1. Ваша диета. Не надо соблюдать строгую диету от всех продуктов. Нужно составить Ваш индивидуальный пищевой дневничок. Делается это так: утром съедаете новый продукт и днём смотрите за реакцией малышки. Если всё более-менее (хотя бы не было усиления коликов) - записываете этот продукт в "разрешённые". Если животик болел сильнее обычного - отменяете на время. Это нужно, потому что реакция может быть на что угодно, в т.ч. и на продукты, которые не считаются аллергенными.
2. Нервная система малышки. Проанализируйте ваш день и уберите все возможные стрессы: динамическую гимнастику, посещение шумных родственников, излишне активные игры, врачей. Уберите пока на неделю-две, посмотрите за реакцией ребёнка. Потом что-то можно потихоньку вернуть.
3. Восстановление микрофлоры. В первую очередь её надо восстановить Вам. Можно пропить бифидок, наринэ, бифидум- или лактобактерин (просто после даже разового приёма антибиотиков признаки нарушения микрофлоры можно ещё до 2 лет находить). Вообще, понаблюдайте за собой: в порядке ли Ваше пищеварение? Дело в том, что здоровая пищеварительная система мамы и не пропускает аллергены в кровь, а значит - и в молоко. Если принять на веру то, что из Вашей пищи что-то попадает в молоко, значит у Вас кишечник не в порядке. Кушайте почаще, но мелкими порциями. Не увлекайтесь моноедением: сочетайте понемножку разные виды продуктов (попадать в молоко продукт начинает при избытке того или другого компонента: белков, жиров или углеводов). Можно попробовать Вам что-нибудь типа мезима. Плюс побольше легкоусвояемых продуктов: мясо хорошо проваренное, овощи подквашенные и т.п.
4. Формирование пищевого интереса. Всегда сажайте дочку с собой, когда взрослые кушают. Не предлагайте ей еды, просто ждите, чтобы она сама попросила. И если что - можно давать что-нибудь прямо из Вашей тарелки (ну, самим при этом желательно перейти на здоровую пищу, но это ещё в предыдущем пункте надо было). Детки, они повторюшки - всегда интересуются содержимым маминой тарелки, особенно если им давать не слишком охотно.

Вы всё хорошо написали и почти всё правильно делаете.
В вашем (ребёнкином) возрасте лучше уже не смесь, а кефир. Поищите, вдруг у вас в магазинах есть что-нибудь типа наринэ - вообще было бы здорово. Плюс время от времени можно проводить курсы бифидо- и лактобактерина (это препараты бактерий, они не дорогие, но по опыту эффективнее линексов и т.п.)
В грудном молоке уже есть пребиотики, так что смысла нет давать смесь с ними - лучше молоко с ними.
Вы ведёте 2 пищевых дневничка: на себя и на ребёнка (хотя чего нельзя себе, то обычно нельзя и ребёнку).
Попробуйте малышку высаживать (т.е. когда бурлит - держать над тазиком и приговаривать "ка-ка" или "а-а", причём важно именно держать с прижатыми к пузу коленочками - сидя ребёнку труднее пропукаться/прокакаться).
Как у вас со стулом? Нормальный или склонность к поносам/запорам?
К сожалению, последствия применения антибиотиков иногда проявляются и через 2 года. Ну что сделать, раз они были необходимы. Теперь остаётся только облегчать состояние малыша. Но ничто ещё не потеряно

Вам можно порекомендовать такой рецепт: 100 г льняного семени размолоть в кофемолке, смешать с 250 мл растительного нерафинированного масла (лучше льняного же, но можно и оливкового), настаивать в тёмном холодном месте неделю, перемешивая каждый день. Потом пить по столовой ложке 3 раза в день минимум 10 дней (но лучше 2-3 недели, оно полезное). Очищает кишечник, нормализует стул, особенно при запорах.

Молоко - мамино. В нём уже есть пребиотики.

Обычно вредными травки становятся в дозах выше 5-6 г сухого вещества (пакетик - не больше 2 г обычно). Так что не вредны. Следите только, чтоб не было аллергии (в этом плане обычно лучше сначала пить те же травки по отдельности, чтобы, если что, знать, на какую из них реакция)

Все мы не ангелы. Уделяйте себе больше внимания - на ребёнке это тоже отразится.

По моим наблюдениям бифидумбактерин - хороший препарат, часто даже эффективнее, чем более дорогие Линекс и Бион-3.

Да, Вы, в принципе, правильно его принимаете. Потом нужно будет сделать перерыв на месяц, а потом смотрите по самочувствию. Можно будет повторить курс 2-3 раза с перерывом в месяц (повторные курсы можно делать покороче: 5-10 дней).

Помните, что ребёнку за раз даётся 5 доз (обычно это содержимое одного флакончика) взрослым - 10 доз (2 флакончика) за раз, так же 2-3 раза в сутки.

Да, кормить можно, таблетку тоже можно, но не переусердствуйте - она не очень хорошо влияет на Вашу печень

Не поздно. Там года 2 могут отмечаться последствия.